ตลอดหลายปีที่พวกเขาทั้งสี่ใช้ชีวิตอยู่ร่วมกับเหล่ามนุษย์อย่างหลบ ๆ ซ่อน ๆ ในที่สุดวันเวลาที่ชาวเมืองยอมรับในตัวของพวกเขาก็มาถึง พร้อมกับการที่พวกเขาถือเป็นวัยรุ่นทั่วไปของเมืองนี้ แน่นอนว่าภายใต้การช่วยเหลือของเพื่อนคนใหม่แอพริล โอนีลก็ทำให้เหล่าเต่านินจาสามารถโค่นพวกอาชญากรได้ แต่สิ่งที่พวกเขาและชาวเมืองต้องเจอต่อไปนั่นคือกลุ่มวายร้ายกลายพันธุ์
